La Sede de Bilbao, una de las mayores infraestructuras científicas del sur de Europa, incrementará la capacidad científico-tecnológica del País Vasco y tendrá un rápido efecto dinamizador dentro de la economía de la zona.
La Sede contará con tres instalaciones principales:

• Un laboratorio de pruebas que se constituirá como centro principal de I+D y ensayos de ESS.
• Un centro de tecnologías de aceleradores para el diseño, desarrollo y validación de componentes de acelerador.
• Un centro de desarrollo de software y estación de acceso remoto a Lund.

La inversión de la Sede será de 180 millones de euros, dentro de los cuales se incluyen los 30 millones de euros ya comprometidos en 2009 por los dos Gobiernos, central y vasco. La instalación científica estará funcionando en 2011 y tendrá un claro efecto dinamizador dentro de la economía de la zona. El acuerdo entre España y Suecia para poner en marcha esta infraestructura científica aboga por un proyecto único que dará como resultado la Fuente Europea de Neutrones por Espalación.